말년에 그는 여러 가지 질환에 시달렸다고 합니다. 그는 병세가 서서히 악화되자 죽음을 기다리고 있었고 프란치스코 교황과 다른 사람들은 그를 위하여 걱정하며 기도하였습니다. 그는 한 때는 병세가 회복되는 것 같기도 하였지만 결국 죽음을 맞이하였습니다. 그가 마지막으로 남긴 말은 다음과 같았습니다. "하느님, 사랑합니다...!' 우리는 얼마나 주님의 은혜에 감사하며 살고 있나요...?
한 천주교신자이자 그리스도인 중의 작은 자로서 윤승환 사도 요한 올림.
